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铭铁矿主要分布在祁连山西段，其中肃北县大道尔吉矿床储量为1556万吨，已发现4JL矿床10余处，独立矿床探明储量的仅方山口大型矿床1处，探明储量12586×104t。锰矿主要分布在北祁连山中西段。
祁连山地区的铅锌矿仍有相当的资源潜力。祁连山地区锑矿、金矿资源还很有潜力。
祁连山东部有山地棕钙土、山地栗钙土、山地草原土、山地灰褐土、山地草甸土，局部有高山荒漠石质土和高山冰沼土。西部除山地灰褐土外，上述其它土壤都有分布。
祁连山区植被较好，有许多天然牧场。自海拔2000向上，植被垂直带分别为荒漠草原带（海拔2000～2300）、草原带（2300～2600）、森林草原带（2600～3200）、灌丛草原带（3200～3700）、草甸草原带（3700～4100）和冰雪带（apapgt4100）。其中森林草原带和灌丛草原带是祁连山的水源涵养林，大通河、石羊河、黑河等河流发源于此，是河西走廊绿洲的主要水源。祁连山区的气候变化会直接影响其周围植被的好坏，从而影响当地经济的发展。
祁连山通常以玉门市石油河一说白杨河以西为西祁连山，是广袤的寒漠草原区i以东为东祁连山，为森林草原区。东西长达千余公里。
祁连山GS省界内的森林，间断分布在石油河以东诸河流上游区。包括连城、将军埠、古城、华隆、夏玛、十八里、．哈溪、上方寺、祁连南岔河、西营河、东大河、大黄山、大河口大野口、祁连大都麻、西水、寺大隆：康乐、隆昌河、祁丰等19个林场管辖区。
祁连山的森林树种、森林类型及其分布状况比较单纯。建群树种有青海、云杉、祁连圆柏，局部有青杄、油松、杨、桦。伴生和散生树种有榆、柳、芳香柏。
据1980年的统计，林地面积祁连山林区46．38万公顷，林蓄积资源祁连山林区为1251．85万立方米；各林龄组面积和蓄积资源，祁连山林区面积为11．78万公顷，蓄积量为1149．19万立方米。
植被垂直带结构，山地东西部南北坡不尽相同。东段北坡植被垂直带谱自下而上荒漠带只有草原化荒漠亚带―山地草原带―山地森林草原带―高山灌丛草甸带―高山亚冰雪稀疏植被带。南坡草原带―山地森林草原带―高山灌丛草甸带―高山亚冰雪稀疏植被带。西段北坡荒漠带―山地草原带―高山草原带―高山亚冰雪稀疏植被带。南坡荒漠带―高山草原带限荒漠草原亚带―高山亚冰雪稀疏植被带。
